在前作中，雷門十壹人成功達成了找回真正的足球的“革命”。在神聖之路大賽後，主角松風天馬為了教孩子們足球而來到了沖繩。當活動結束後，回到雷門的天馬在那目擊到不得了的異變...！ 在神聖之路得到優勝，應該是回到了和平的生活中，忽然出現了被稱為最終協議〈プロトコ兒オメガ〉的足球隊。 從兩百年後的未來出現的他們，其目的就是要把足球運動從這個世界上抹消掉。當天馬被壓倒性的力量打得落花流水的時候，出現了壹位謎之少年“菲(フェイ)”伸出了援手。 天馬他們為了要阻止足球消失，展開了穿越時空的冒險旅程。“穿梭過去與未來的冒險劇”正式開始！！
