在上大學二年級的小澤晴香為了幫助壹個“被靈附身了”的朋友，敲開來電影研究會的門。在那等著她的是傳聞中擁有靈能力的齊藤八雲。八雲是壹個看起來沒有生氣頭發亂糟糟，仿佛將自己的心靈封閉起來了的青年，但是他的左眼卻非常的惹眼，是血紅的瞳色……
晴香剛開始的時候也只是半信半疑。偶然發現八雲的詐賭行為，再加上他向她索取報酬，因此認為他是騙子。但是在八雲把在晴香年幼時死亡的雙胞胎姐姐的話傳達給晴香之後，便徹底相信了他的力量。之後兩個人活躍在學校之內，將周圍發生的各種各樣恐怖事件的真相給揭開了。但是那只不過僅僅是序章而已……
靈異推理PK柯南
日本動漫中以推理為題材的作品不在少數，比如《名偵探柯南》，比如《金田壹少年事件簿》，《死亡筆記》，都是非常傑出的代表。而《心靈偵探八雲》則是壹部以溫馨的手法來表現靈異及推理題材的動漫作品。神永學在自己的作品中傳達的理念是：拋開壹般采用靈異元素的手法，認為靈魂是人的思念的結體（晶），因而不是傳統觀念中令人不寒而栗的鬼怪。正是基於這個概念和理念，才使得《心靈偵探八雲》能夠成為壹部靈異題材而並不宣揚驚悚、懸疑等元素的、個性又另類、溫馨而精彩的作品。動畫中人物個性鮮明，情感豐富。盡管手法柔和，但故事情節，推理元素表現得恰到好處，是壹部不可多得的優秀作品。
