一個突然出現在日本某處海上的不明黑色柱狀物體開始,Hayakawa博士的孩子們Ai與Yuu,決定去尋找他們失蹤的父母們。他們試著從父母親最初旅行的線索開始找起,之後他們發現父母親的出發點為異世界的地下鐵站,而火車將在12點13分13秒啟程前往異世界