進入了明治時代,曾經的“劊子手拔刀齋”緋村劍心(佐藤健 飾)已經習慣了神谷道場的安寧生活。誰知就在這壹天,倒幕戰爭時的舊友——號稱維新三傑之壹的大久保利通(宮澤和史 飾)將其請去。原來繼承了劍心劊子手身份的誌誌雄真實(藤原龍也 飾)當年被新政府背叛,僥幸活下來的誌誌雄正秘密籌措稱霸日本的可怕計劃。大久保死後,深感背負不可推卸責任的劍心只身上路,在途中不僅偶遇京都女忍卷釘操(土屋太鳳 飾),還在新月村和誌誌雄有了第壹次的遭遇。與此同時,相樂左之助(青木崇高 飾)、神谷薫(武井咲 飾)、明神彌彥(大八木凱鬥 飾)、齋藤壹(江口洋介 飾)也相繼趕往京都。陰雲密布的時代,醞釀著壹場席卷全國的風暴……
本片根據和月伸宏的經典漫畫原作改編。